Non esiste una cura specifica per la PCOS ed il suo trattamento varia a seconda se una donna è alla ricerca della gravidanza oppure no.

In tutti i casi, per prevenire le complicazioni future, è indispensabile riportare il peso corporeo nella norma e seguire successivamente un'alimentazione lievemente povera di carboidrati (farinacei, zuccheri etc). Anche l'attività fisica, diminuendo la resistenza all'insulina, migliora la sindrome.

Nel caso di donne che non cercano la gravidanza, se non sono sufficienti i consigli generali illustrati, si induce, se necessario, un numero minimo di mestruazioni per anno, con progesterone o con la pillola e si cura l'eccesso di peli o l'acne.

Nel caso di donne che cercano la gravidanza diventano essenziali i consigli generali illustrati circa il peso corporeo e l'alimentazione. Talvolta ciò è sufficiente a ripristinare l'ovulazione e la fertilità.

Negli altri casi è necessario indrre l'ovulazione con farmaci come il clomifene o le follitropine precedute da un analogo del GnRH. Talvolta è usata anche  la metformina, un farmaco usato nel diabete per facilitare l'azione dell'insulina.

L'induzione dell'ovulazione in donne affette da PCOS spesso si complica per una risposta eccessiva dell'ovaio ai farmaci che produce una Sindrome da Iperstimolazione Ovarica (OHSS).

Le donne affette da PCOS che diventano gravide hanno maggior rischio di abortire nel primo trimestre di gravidanza, di sviluppare una gestosi o un diabete gestazionale.