Il trattamento delle anomalie dell'ovulazione varia a seconda della causa. A volte è sufficiente modificare  i propri comportamenti alimentari, ripristinando un peso nella norma, ridurre un'attività sportiva eccessiva o sospendere l'assunzione di alcuni farmaci.

La mancanza di ovulazione dovuta ad esaurimento dell'ovaio, come avviene in menopausa, non ha un trattamento efficace, anche nei casi di menopausa precoce. La gravidanza può essere ottenuta solo con la donazione di ovociti, tecnica non consentita dalla legge italiana vigente.

Nei casi di iperprolattinemia, la normalizzazione dei livelli di prolattina con farmaci come la cabergolina, ripristina l'ovulazione. Anche la correzione dei livelli di ormoni tiroidei, in caso di disfunzione di questa ghiandola, riavvia una normale ovulazione.

Nella Sindrome da Ovaio Policistico (PCOS), se c'è iperinsulinismo, si usa da sola o associata a farmaci induttori dell'ovulazione, la metformina, sostanza usata in genere nel diabete che aumenta la efficacia dell'insulina, riducendone i livelli ematici eccessivi  che interferiscono con l'ovulazione. Va assunta dopo i pasti, come compressa orale.

Nei rari casi di livelli di FSH nel sangue estremamente bassi, come avviene nell'Ipogonadismo Ipogonadotropo, dovuto deficienza ipofisaria o ipotalamica, è possibile indurre l'ovulazione con la Follitropina o, raramente, somministrando GnRh con una speciale pompa per infusione per alcuni giorni.

Negli altri casi l'ovulazione è in genere indotta con delle compresse di clomifene o con delle iniezioni di Follitropina.